Como o CNPJ é conferido
O CNPJ tem 14 posições: 8 da raiz, 4 do número do estabelecimento (0001 costuma ser a matriz) e 2 dígitos verificadores. Os dígitos são calculados pelo módulo 11 sobre as posições anteriores.
A ferramenta refaz o cálculo e compara com os dígitos digitados. Quando não batem, mostra os dígitos que eram esperados. Um número de 11 posições só com algarismos é tratado como CPF.
CNPJ alfanumérico
O CNPJ passou a aceitar letras nas 12 primeiras posições, e os dois dígitos verificadores continuam sendo números. O cálculo é o mesmo de sempre: cada caractere vale o seu código ASCII menos 48. Assim, o algarismo 7 vale 7 e a letra A vale 17, e um CNPJ só de números dá exatamente o dígito de antes. Veja o guia CNPJ alfanumérico: o que muda nas notas fiscais e no cálculo do DV.
O que a ferramenta não faz
Um CNPJ com os dígitos certos pode não existir ou estar baixado. A ferramenta não consulta a Receita Federal: ela confere só a matemática do número. Para saber a situação cadastral, use a consulta oficial da Receita.